L'iridologia è una disciplina olistica, che valuta lo stato generale del soggetto: aspetti fisici e psichici ereditari, costituzionali ed acquisiti, normali e patologici.
Osservando l'iride nell'insieme delle sue caratteristiche strutturali si giunge ad una valutazione degli aspetti generali del sistema biopsichico ( energia, vitalità, equilibrio, tossiemia ecc.). E' tuttavia opportuno riuscire a distinguere quali disturbi funzionali e disturbi organici sono derivati dallo squilibrio energetico iniziale.

Per ottenere queste informazioni è stata elaborata la "topografia iridea" che localizza sull'iride funzioni, apparati ed organi: in base all'osservazione di segni di squilibrio localizzati in una particolare zona dell'iride, si può risalire alla funzione o all'apparato alterato, quello localizzato in detta zona. (N.B.: Altre "somatopie" – localizzazioni dell'intero corpo su zone delimitate del corpo – vengono applicate alla pianta del piede, all'orecchio, all'area motoria e sensitiva cerebrale ecc.)
E' chiaro che ciò che conta nei metodi olistici per la salute è soprattutto una valutazione di tipo generale, energetico, sufficiente per riavviare l'equilibrio di ogni funzione alterata e la guarigione di ciascuna struttura organica. Quindi l'individuazione di singole funzioni e strutture alterate è secondaria e non deve essere il punto centrale dell'indagine, come è invece per la medicina allopatica, per la quale la diagnosi è fondamentalmente una individuazione del singolo organo ammalato.
Dunque lo studio della topografia dell'iride non dovrebbe essere l'obbiettivo principale della ricerca iridologica. Tuttavia in passato è accaduto esattamente l'opposto: influenzati dalla medicina allopatica, e volendo competere con essa, gli studiosi di iridologia si sono dedicati soprattutto all'elaborazione della topografia dell'iride, costruendo mappe complesse, diverse da scuola a scuola, da autore a autore, e quindi contradditorie e incerte, difficili da usare per la loro complessità durante l'indagine. L'intento era di poter competere con i metodi diagnostici ufficiali: radiografie, ecografie, tac, risonanza magnetica. Gli iridologi più accorti hanno dovuto fare negli ultimi anni un lavoro inverso: semplificare la topografia dell'iride, individuare e conservare gli aspetti condivisi, verificarli, eliminando gli aspetti controversi.

Indico brevemente i criteri generali di topografia iridologica.

La maggior parte degli autori classici considera il corpo proiettato sull'iride in posizione eretta; la metà destra sull'iride destra, la metà sinistra sull'iride sinistra; le parti superiori in alto, quelle inferiori in basso.
Organi doppi (reni, polmoni ecc.) quello destro sull'iride destra, il sinistro sull'iride sinistra.
Organi unici, mediani e simmetrici (vertebre, midollo spinale, vescica, utero ecc.) la metà destra nell'iride destra, la metà sinistra nell'iride sinistra.
Organi unici non simmetrici che si estendono sia nella parte destra sia in quella sinistra del corpo (cuore, fegato, stomaco, intestino, pancreas) sono rappresentati bilateralmente: la metà destra nell'iride destra, la metà sinistra nell'iride sinistra.
Organi semplici localizzati solo a destra (colon ascendente, appendice) o solo a sinistra (milza) rispettivamente nell'iride destra e nell'iride sinistra.
Viene rispettato un ordine spaziale per cui gli organi più estesi sono più ampiamente rappresentati e le aree di proiezione conservano tra loro relazioni spaziali simili a quelle delle corrispondenti parti del corpo.
L'iride viene inoltre suddivisa in anelli (topografia anulare) e in settori (topografia settoriale) in cui vengono localizzati varie funzioni, organi ed apparati.
La topografia anulare si presta maggiormente ad individuare funzioni ed apparati, quella settoriale tende ad una localizzazione più analitica.